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海洋生物因其特殊的生理需要，能从海水中吸收并浓缩无机金属离子和非金属离子，其浓度可比周围海水高出几千倍甚至几万倍。被吸收的离子参与细胞质、色素、酶、血液、蛋白质、多糖、维生素等的合成与代谢，或构成其中的成分。
随着工业的发展，有毒重金属离子、放射性元素以及有机农药和化工污染物等随河流、大气进入海洋。在近海，它们大部分被吸附在悬浮的颗粒物上沉于海底，部分则由海洋生物吸收、浓缩，继而经食物链转移到底栖生物和鱼类中。
有的金属离子(如汞)，在生化过程中转变成有毒的甲基化形态，直接危害人类的健康和生命。现各国正在加强研究各种污染物在海洋生物中的存在、积累和转移等代谢历程，揭示其代谢规律；并已确认一些底栖动植物，如贻贝、巨藻可作为研究污染物的指标生物。 海洋动物中含有某些糖蛋白、多肚甾醇、酮基化合物等激素，可以协调个体内的各细胞，保持全个体的统一，控制生物体的各种机能。如棘皮动物海星类的卵成熟激素，虾蟹的变色和蜕皮激素等。
由化学物质控制的生物之间的相互作用，称为化学感受。这些化学物质称为化学传讯物质，在生物种内起着控制诱导、告警、集群、辨别家族等作用的传讯物质，称为信息素。依对双方的利害，分别称为利己信息素和利他信息素。化学感受现象在海洋生物中很明显，以弥补它们在混浊、黑暗的环境中视觉等功能的不足。 海洋生物的代谢物具有奇异的化学结构，不少可用作药物。如由海产蕨藻中分离出的蕨藻素，软体动物海兔中分离出的海兔毒素和骏河毒素，海绵动物中分离出的海绵毒素，腔肠动物中分离出的海葵毒素，以及沙蚕毒素、河豚毒素、雪加毒素等，它们都是含芳香族、含卤和含氮的化合物，具有抗菌、抗肿瘤、抗癌等药效。人们已按沙蚕毒素的化学结构合成了对人畜无害而有效的杀虫剂。
此外，从软珊瑚中分离出前列腺 素；从软骨藻、海人草、凹顶藻、海头红等中分离出海人草酸、软骨藻酸、含卤脂肪酸、烃类、萜类等化合物，具有驱蛔虫、降血脂、抗
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